ALLCools.plot.dendro

Module Contents

straight_branch(ax, a, b, plot_kws)[source]

Draw link line between a and b

plot_dendrogram(linkage_df, ax, dendro=None, labels=None, dendro_kws=None, plot_node_id=False, plot_non_singleton=True, plot_kws=None, node_hue=None, node_hue_norm=None, node_hue_cbar=True, node_hue_cbar_frac=0.1, node_palette='viridis', node_size=None, node_size_norm=None, node_sizes=None, line_hue=None, line_hue_norm=None, line_palette='gray_r', linewidth=1.5, edge_color='gray', marker_size=60, marker_color='lightblue')[source]
Parameters
  • linkage_df

  • dendro

  • labels

  • dendro_kws

  • ax

  • plot_node_id

  • plot_non_singleton

  • plot_kws

  • node_hue

  • node_hue_norm

  • node_hue_cbar

  • node_hue_cbar_frac

  • node_palette

  • node_size

  • node_size_norm

  • node_sizes

  • line_hue

  • line_hue_norm

  • line_palette

  • linewidth

  • edge_color

  • marker_size

  • marker_color